Selimiye Külliyesi, caminin yanısıra medrese, hamam, türbe, imaret gibi birçok binadan oluşan ve külliye denen yapılar topluluğudur. Mimar Sinan, külliyenin öbür yapılarının boyutlarını küçük tutarak tüm dikkatlerin cami üzerinde toplanmasını sağlamıştır.

Bugün Edirne Müzesi‘nin bir bölümünün yer aldığı medreseler, dış avlunun güney kenarının köşelerinde ve caminin kıble duvarının önündedir. Külliyenin son yapısı olan arasta (çarşı), sonradan III. Murad döneminde, Selimiye‘ye gelir getirmesi amacıyla vakıf olarak yaptırılmıştır. Arastada karşılıklı iki sıra halinde dizilmiş 124 dükkan vardır.

Selimiye‘nin dış avlusu camiyi üç tarafından çevirir. Bu avlular kıble tarafında iki medreseyle sınırlıdır. Bu küçük medreseler girişlerine göre asimetrik planlanmışlardır. Dershaneleri caminin arkasındaki küçük avluya bakar. Mimar Sinan‘ın birçok medresesinde olduğu gibi, avlularının giriş tarafında oda yoktur. Bu avlular birer bahçe olarak tasarlanmıştır.

Dış avlunun (bahçenin) güneybatı köşesinde bir Muvakkithane (vakit tespiti yapılan) bölümü vardır ki; şimdiki haliyle kullanımdan uzaktır. Yanından çıkan kapıya Muvakkithane kapısı denir.

Dış yapı biçiminin temel sorunu her zaman kubbeden alt yapıya geçişin düzgünlüğü üzerine kuruludur. Mimar Sinan bu sorunu, yatay kütleleri birbirine bağlayan düşey yapılarla çözmüştür. Bu düşey yapılar, aynı zamanda dinamik bir kütle tasarımının da araçlarıdır.

Dış bahçede toplam dokuz kapı bulunmaktadır. Ancak bunların en büyük ve en çok kullanılanı batıya açılanıdır. Bu kapıya; eski yıllarda, Alay Kapısı, Kıble yönündeki küçük kapıya Dilenci Kapısı, Doğuda cami haziresine açılan kapıya da Darphane Kapısı denmekteydi.

Hamama yakın kapı, Dar-ül Tedris ve Dar-ül Kurra müderrisleri, öğrencileri ve çalışanlar için sabah namazından önce açılmakta, Taş Odalara yakın kapı talebenin giriş çıkışı ve medrese ihtiyaçları için kullanılmaktaydı.

Avlunun kuzeydoğu yönünde, Türk İslam Eserlerinin Müzesi olarak kullanılan Dar-ül Tedris Medresesi yer almaktadır.

Dış avlunun Arasta’ya bakan yönünde cami duvarında güneş saatleri bulunmaktadır.

Selimiye dış avlusunu, doğu tarafta, iki medrese kuşatır. Toprağı yükseltilmiştir ve bu haliyle bir set gibi adeta özel bir mekan yaratır ki; burası, mezarların bulunduğu bir haziredir. Bunlardan biri III. Ahmet’in 1718 ‘de ölen oğlu Şehzade Selim’e ait türbedir.