İç yapıda ve dekorasyondaki özelliği, Akustik ile duvar ve sütunlar ilişkisini Topkapı Sarayının eski müdürlerinden Kemal ÇIĞ Fark etmiş Risalei Mimariyi okurken bunun 6 faslına özel bir dikkat ayırmış sonra burada verilen bilgilerle Cami içinde gözlemlerde bulunarak bundan çok ilginç bir sonuç çıkarmıştır.1996 da Cambridge’de yapılan III. Türk sanatları kongresine sunduğu bu tebliği o zaman yayınlanmayan Çığ Daha sonra bu etüdünü kendisi için yapılan armağan kitabına almıştır. Konu Mavi Caminin akustiği ve bu amaçla Camii içindeki mermer kaplamalarına özel bir kesme yontma ve yerleştirme verilmiş olması hiçbir Camimizde kullanılmadığı kadar çok mermer kaplamasına Sultanahmet Şaheserinde yer verildiğine ve bu kaplamaların basit bir duvar ve sütun örtülmesi şeklinde değil çok ayrı ve özel yontumlar ve parça yerleştirmeleri ile yapıldığına dikkati çekmekte ve risalede bütün bunların tamamen akustik amacı ile yapıldığına dair verilen bilgi ile de gözlemini desteklemektedir.

Risale-i mimariye de Cafer Çelebi, Mimar Mehmet ağanın hayatını yetişme tarzını yaptığı eserleri ilmi hendeseye ait bazı bilgileri mimarlığa ait ve yapı sanatında kullanılan adetleri fasıl fasıl şiir ve nesir olarak anlatmış ve birde sözlük ilave etmiştir. Sultanahmet Caminin kubbelerinin tam kapanmak üzere olduğu zamana tesadüf eder. Caminin inşaat durumu bu aşamada iken daima temasta bulunduğu Mimar Mehmet ağayı inşaat yerinde ziyarete giden Cafer Çelebi onu caminin döşenmiş bir seccade yanında bir elinde tespih bir elinde arşın olduğu halde sürekli tespih çekip ve çektiği her dane de kelimei-şehadet getirdiği ve etrafındaki çalışan ustalara nezaret ettiği sırada bulur. Bir kenara oturup dua ettiğini zannettiği Mehmet ağanın duasını bitinceye kadar ve ondan sonra yanına gidip konuşmaya karar verir. O arada devrin musiki üstatlarından biriside camiyi seyretmek için çıka gelir ve etrafa nezaret ettikten sonra Cafer Çelebinin yanına gelip oturur ve başlarlar ikisi şu yolda konuşmaya; Cafer Çelebi yeni gelen musiki üstadının hayretler içinde Mehmet ağayı seyrettiğini görünce Mehmet ağanın evvela ilmi musiki tahsil ettiğini ondan sonra Sedefkârlık ve Mimarlık öğrendiğini söyleyerek onun yetişme tarzını tanıtmaya çalışır. Bu açıklamayı dinleyen musiki üstadı hala Mehmet ağanın burada musiki yapmakta olduğunu hatta yontulan mermerlerin bile vecde gelmiş sofilerin semaya başladığı zaman çıkardıkları sedalar gibi sada verdiklerini anlatarak padişah hazretlerinin bu bir büyük şanstır ki böyle bir Mimar ağaya sahiptirler, der ve devamlı siz Mimar ağanın ilmi musikiye ilgi göstermiş olduğunu söylediniz, hala cami şerif binasında biz ilmi musikiyi bi tamam müşahade eyledik. Şimdi binayı seyrederken on iki cins mermer müşahede eyledik. Her bir mermerden bir çeşit sada ve bir güna makam hasıl olur on iki cins mermerin sedalarında ayni ile on iki makam müşahede eyledik Mermerler yontulurken mermerin cinsi yontuluş tarzı o mermere değişik bir makamda ses vermesini temin etmekte yine müşahede ediyorum ki yedi mutemet usta her bir çeşit seda çıkararak durmadan binayı dolaşmakta on iki cins mermer evvela tasmim olunmakta ve sonra yine istenilen makamda ses verebilmesi için gerekli yontulma yapılmaktadır. Her birinde bir türlü savt ve seda vardır ki 24 terkibi dahi anda müşahede eyledim. Azizi mezbur hadiseyi böylece bildirip Cafer Çelebi ile selam verip çıkıp gider. Türk mimarları yaptıkları eserlerinde sadece hacim ve dekorasyonu değil mimari bir müzik unsuru olan akustik problemini de ön planda tutmuşlar ve işi cidden bilerek ortaya çıkarmışlardır. Sultanahmet Camiinin duvar yüzleri ile irili ufaklı bütün sütunlarında o kadar çok mermer kullanılmıştır ki bu kadar bol mermer kullanılmış başka bir camimiz yoktur. Burada kullanılan mermerler aynı zamanda çeşitlilik bakımından da çok değişiktir. Diğer bir özelliğide bu malzeme çeşitli biçime sokulmuş satıhlar halinde yontulmuş duvar ve sütunlara minber ve maffellerin tavan ve civarlarına o suretle aplike edilmiştir. Bunların hepsi Mimar Mehmet Ağanın sağlam bir müzik bilgisini binaya tatbik etmesinden ileri gelen bir hususiyettir.