Yıkım ve kazı; külliye yapımına istimlâk olunan arazide bulunan yapıların yıkılmasıyla başlanmıştır. yıkımı temel ve lağımın kazılması toprak doldurulması ve temizlenmesi izlemiştir. Moloz taş çıkarılması kariz boşaltılması işlerinde Lağımcılar çalışmıştır. Malzeme ve temini; Yapım için gerekli malzemenin iş yerine getirilmesi karmaşık bir işlem olarak belirmektedir. Önce taş ağaç kurşun gibi İstanbul dışında ve çeşitli yerlerden getirilecek malzemeyi bulmak ve satın almak için bazı kişiler görevlendirilmekteydi. buna göre ağaçlık bölgelerden malzeme sağlanması için bina emini tarafından mutemet yada mübaşirler görevlendirilmekteydi. gerekli kereste tür bolut ve sayısını belirten defterlerle orman bölgelerine hareket eden görevliler taşıdıkları padişah fermanını yörenin kadısına göstererek yardım almaktaydılar. malzemenin hazır olarak bulunamadığı durumlarda gereken nicelikte ağaç kesilerek kereste hazırlandıktan sonra kıyıya indirilerek deniz yoluyla İstanbul’a getiriliyordu. Taşıma; türlü kaynaklardan İstanbul’a doğru hareket eden ağaç taş kurşun gibi malzeme kara yoluyla öküz arabalarıyla yakın iskelelere indirildikten sonra gemilerle taşınmıştır. Örneğin Kurşun Üsküp’ ten Selaniğe getirildikten sonra gemilere yüklenmiştir. Marmara adasında kesilen taşlar çeşitli yörelerden alınan ağaçlarda gemilerle İstanbul’a getirilmiştir. Masraflar arasında taş kesen esirlerle onları çalıştıran gardiyanların taş, kereste ve kurşun getiren gemilerin ve gemi reislerinin ücretleri şantiyeye malzeme taşıyan eşşek, at, at sürücüleri ile sırt ve sırık hamallarına ödenen tutarlarda yazılıdır. Kaba yapım için gerekli tuğla, kireç, Horasan gibi diğer malzeme hazır olarak satın alınmıştır.

Camiinin Yapılışı;

Camiinin temelinin kazılmasına geldiğinde, bunun için Osmanlı usulü büyük bir tören düzenlendi. Sıra caminin temelinin kazılmasına geldiğinde bunun için Osmanlı usulü büyük bir tören düzenlendi. 1018 yılı recep ayının 9. perşembe günü (Bu günkü takvimle 1609 yılı olduğu kesinde, ayı yaklaşık Ekim başı oluyor). Yıldıza bakanların seçtiği uğurlu bir tarih. Bütün devlet erkânı yıkımlarla açılan boşluk arazide toplandılar. Padişah için de, çalışmaları gelip her zaman seyretmesi için bir köşk kurulmuştu. Çevre kalabalıkla doluydu. Dönemin bütün ünlü mimarları, “bel külünk, zembil ve ölçekleri ile” hazırdılar. Önce mimarbaşı Mehmet Ağanın planına göre,dört duvarın, mihrab’ın, sütunların,mahfel ve minarelerin yerleri tespit edildi. Sonra temel kazımına geçildiğinde, önce Şeyhülislam Mevlana Mehmet Efendi, sonra halkın güvenine sahip Şeyh Mahmut Efendi (Aziz Mahmut Hüdayi) daha sonra Vezir-i Azam Davut Paşa, daha sonra öteki vezirler kadı askerler ve sıra ile Osmanlı protokolüne göre öteki rütbeliler ve ulema, ellerine kazma alıp birçok dualarla, önce, yol olacak yerleri kazdılar. En sonra Padişah, seyir köşkünden indi, yoruluncaya kadar kazı yaptı. Evliya Çelebi her zaman olduğu gibi romantik ve dramatik bir ek yaparak, genç Padişah’ın eteğine doldurduğu taşları dökerken, el açıp Allah’a yakararak, “Ahmet kulunun hizmetidir, kabul eyle!” diye dua ettiğini yazıyor. Tören yerinde, o perşembe günü sayısız kurbanlar kesildi. Yoksullara ziyafet çekildi. İhsanlar ve hediyeler verildi. Onu izleyerek de, bir gün yeniçeriler bir gün sipahiler yani atlılar olmak üzere, askerler, gelip ücretsiz çalıştı. Padişah onlara her gün ziyafetler çekti. Temel kazma işi bir aydan fazla sürdü. Açılan temeller için çevre duvarı altına, rutubetten etkilenmeyen ve toprakta çürümeyen ağaç kazıklar yaptırıldı ve bunlar ağır araçlarla çekilip birbirine bağlanarak, çukurlar içine çakıldı. 1609 yılı Aralık ayı sonlarına gelinmişti. Sonra yine uğurlu bir tarih araştırıldı.1610 yılı girmişti. Yine yıldız falına bakanlar Şevval ayının sekiz, Pazartesi gününün (4 Ocak 1610) sabahını tespit ettiler. Yine bütün protokol o alanda toplandı. Taş yontucular, her bir ulu kişi için bir temel taşı hazırlamışlardı. Temel çukurlarına inerek, sıra ile önce Şeyhülislam, sonra vezirler, bütün ileri gelenler dualarla o taşları mihrabın temellerine yerleştirdiler. Böylece, “dağlar gibi sarsılmaz duvarlar” ın temelleri atılmış ve inşaat başlamış oluyordu. Halk dağılıp ortalık boşalınca, Padişah geldi. Gümüş halkalardan ve ibrişim, yani ipek ipliklerden yapılma bir kemerin içinden birkaç mücevheri alarak mihrabın temeline yerleştirdi. Bina emiri olan Kalender Efendi’ye kızıl altunlar verdi. “Padişahın ihsan denizi dalgalanmıştı” Şeyhülislama halkın sevdiği Şeyh Mahmut Efendiye, vezirlere, kadı askerlere, beylerbeyine, ulemaya, ağalara, beylere ve inşaat mutemedlerine, yüzlerce hil'atler giydirdi. Sayılamayacak kadar kurban kesildi. Ustalar ve işçilerden başka gelen geçen tüm yoksullara hem ziyafetler çekildi, hem sadakalar verildi. Herkesin gönlü alındı. Ortalık bayram yeri halindeydi. Padişaha dualar ediliyor ve şairler yapıma ebcet hesabıyla tarihler düşürüyorlardı. Yapımı; 7,5 yıl sürdü. Camii ve mimarını yazmış olan Cafer Çelebi, eserini 1614 yılı ile kapatmış olduğu için binanın tamamlanması hakkında bilgi vermiyor. Sadece duvarların bitip üstüne kubbenin yerleştirilecek duruma geldiğini kaydediyor. Ayrıca onun verdiği bilgilerden mimarın inşaatın her aşamasında işinin başında olduğunu avluya serdiği bir seccadeye bile değil, onun dışına kuru taşa oturup sağ elinde tespihi, sol elinde mimar arşını, durmadan tespihini çevirip her tanesinde duasını okuyarak, çevresini de gözetleyip kolladığını ve ağır çalışan ustalara, elindeki arşını ile işaretten geri kalmadığını okuyoruz. Kubbenin bitip binanın kilitlenecek zamanının gelişi,1026 hicri yılı Cuma del-ahiresi ayının 4.cü günü nü bulmuştu. Böylece inşaat 7 yıl 5 ay 6 gün sürmüş oluyordu. Bitiş günü bugünkü takvimle 9 Haziran 1617 etmektedir.

Osmanlıya göre de bu olay görkemli bir ziyafet demekti. Camii avlusuna otağlar kurulmuş, Padişah çadırına saraydan tahtı da getirilmişti. Avludaki yemekten sonra ileri gelenler saraya çağrılmış, hil-atlerini giymişler, sonra Padişahın önüne düşerek onu otağ-ı hümayunun önüne getirmişlerdi. Orada önce Sadrazam Halil Paşa sonra vezirler, sonra sıradaki öbürleri, Padişahın eteğini öperek, tebriklerini sundular. O törende 1000 kadar hilat ve soft giydirildi. Camide kılınan ilk namaz da ise bütün cemaate mercan tesbihler armağan edildi. Görevliler bu değerli tespihleri namaza oturmuş olan herkesin dizi üzerine bırakmak suretiyle dağıtıyordu. Mercanlar bitince 'kelembek tespihlere’geçildi. Orhan Şaik Gökyay Kalembek’in Hint Okyanusundan çıkan keskin ve güzel kokulu sandal ağacından yapıldığı bilgisi veriyor. Cemaate bu armağanlardan sonra, mabedin kendisine gelen hediyeler, çevreyi donatmaya başladı. Sedefli rahlelere yüzlerce Kur’an yerleştirildi. O zamana kadar yapılmış olan camilerin hiç birine, bu kadar çok sayıda bu kadar güzel, yani iyi hattan çıkmış, altınlı, çiçekli, boyalı desenli kitap konulmamıştı. Evliya çelebimizin verdiği bilgilere göre 'Sultanahmet han ecdadından beri ne kadar zi kıymet ibret numa cevahir makulesi hedaya var ise cümlesini' camiye astırmış ve 'cemii düvelden nice hediyeler gelip ve cemi diyarın marifet erbabının ihsan etmesiyle birer ibret nüma eşya getirdiklerinde camii yi tezyin etmişlerdi. Habeş veziri Cafer Paşa, Hünkâr mahfeline 6 tane zümrüt kandil asmıştı. Altın zincirlerle inen zümrüt parçalarının her biri yuvarlak birer kâse şeklindeydi ve 6 şar okka çekiyordu. Evliya Çelebi bunlar içinde her biri bir Rum haracı eder diyor. Masmavi, yemyeşil camiinin de, bu akıbetten kendisini kurtaramadığı belli oluyor. Çünkü günümüzde bu göz kamaştırıcı hazine parçalarından hiç biri yok. Günümüzü bırakın mabedin bitirilişinden yaklaşık 100 yıl sonra, onu görmüş olan tanınmış ve güvenilir yabancı tanıklar, tavandan inen kandillerin arasında böyle akıl bozan mücevherlerden değil, kristal toplar, billur avizeler, deve kuşu, yumurtaları gibi eşyadan bahsederler. Bir kaç tanede ilgi çekecek sanat eseri, Bunlardan birisi kandil şeklinde cam bir kâsenin içine oturtulmuş veya galiba daha doğrusu, top şeklinde kapalı bir cam kürenin içine yerleştirilmiş bir gemi modeli, bir kalyon. Öbürü caminin çok maharetli bir işçilikle yapılmış ahşap bir maketi imiş. Bittiğinde böylece camii bir koleksiyon pırıltısını almıştı. Ama tarihin garip bir tecellisi ise, İstanbul’un ufkuna böylesi bir çizgiyi resmetmeyi o kadar istemiş ve bunun için her cuma günü gelip bizzat çalışmış olan genç Padişahın eserini ancak tamamlamış olarak görebilmesi ve tadına yeterince varamayışı oldu.