Camii öbür mabetlere oranla, iç mekânlarda çok geniştir. Sinan’ın Süleymaniye’ sinin kubbesini taşıyan pil payeleri yerine, Mehmet ağa, yuvarlak ve çok iri sütunlar kullanmış ve yine Sinan’ın Şehzade Camii payelerinde yalnız üst kısımlarda yer verdiği yivlerini, Mavi Camiinde, çok aşağılardan itibaren başlatmak suretiyle, sütunların heybetini ve ağırlığını hafifletmiştir. Bu hem cesur ama hem de isabetli ve artistik tercihi ağır basan bir dizayndır. Camiye önce dışarıdan bakarsak 6 minareye sahip.

O yüzden bu niteliği ile tek kalıyor.4 köşesindeki minarelerin 3’er ve avlusunun köşesindeki 2 minarenin ise 2 ‘şer şerefesi var. 16 Şerefe. Yapı, üç yanından, taş duvarlı ve 5 kapılı bir avlu ve bahçe ile çevrili. Camii önünde de revaklı ve taş döşemeli bir iç avlusu vardır. Burada 26 granit ve mermerden stalaktit üslubunda başlıklı sütun,30 kubbeyi taşır.3 kapı ile girilen iç avlu, mermer döşemelidir. Batı yönündeki kapı,anıtsal ölçülerdedir.Avlunun ortasına 6 sütunlu, bir şadırvan yerleştirilmiştir.

Camiye de 3 kapı ile girilir. Avluya açılan kapı en büyüğüdür. Caminin ana yapısı ile beraber, şu tamamlayıcı bölümler de eklenmiş, bunların kimisi ancak birkaç yıl sonra bitirilmiş, sonunda tam bir külliye meydana gelmişti:

-Hünkâr Kasrı
-Medrese
-Dar-ül Kurra
-Sıbyan Mektebi
-Arasta
-Hamam
-İmaret (Halen batı yönünde, meydan kenarında, Marmara Üniversitesi binası arkasında, sadece mutfak bölümü kalmıştır.)
-Darüş-şifa (Bugün yoktur)
-Türbe
-Sebiller

Caminin oturduğu alan güneydoğu yönünde eğimlidir. bu nedenle arazi çeşitli setlerle kademelendirilmiştir. İlk kademe caminin kıble duvarı ile oluşturulmuştur. aynı zamanda bir istinat duvarı olan cami kıble duvarı altına kısmi bir bodrum yapılmıştır. güneybatı minaresi yanında yer alan yalın bir kapıdan girilen ve mazgal pencereleri ile hava ve ışık alan bu loş mekân insanların barınmasına uygun bir yer değildir. İnşaat defterindeki mihrap duvarı önünde mahzen ifadesine dayanarak bu bodrumun başlangıçta depo olarak kullanıldığı ileri sürülebilir. Kıble duvarı önünde üç yöne kapılarla açılan pencereli bir duvarla çevrili geniş bir avlu bulunmaktadır. işlevi tam olarak belirlenemeyen bu alandan evliya çelebi övgüyle söz etmekte; içinde bülbüllerin öttüğünü söylediği bu bahçeyi cennetteki İrem bağlarına benzetmektedir. Cami bodrum katının ve kubbeli odaların bulunduğu birinci terastan sonra üzerinde yalnız 7 dükkân ve bir çeşmenin bulunduğu bir ara seviyeye inilmektedir. Dış avlu duvarının caminin kuzeyindeki kesimi altındaki istinat duvarı altındaki tonozlar dükkân şeklinde değerlendirilmiştir. Genel yerleşme düzeni ve külliyenin programı Sultanahmet külliyesi, külliye için sağlanabilen arsanın durumu ve programı nedeniyle Fatih ve Süleymaniye gibi büyük sultan külliyelerinde görülen medreselerin tekrarından oluşan simetrik gruplaşmalara düzenli bir geometrik şemaya sahip değildir. Külliye yapılarının büyük bir bölümü kıble ve ona dik doğrultu esas alınarak yönlendirildiklerinden temelde bir yön ve düzen fikri gözlenmektedir. Ayrıca işlevsel kümelenmeler yapılarak Cami ve Hünkâr Kasrı imam odaları eğitim yapıları ve Medrese,Darul-Kurra, Sıbyan mektebi, sağlık ve sosyal dayanışma yapıları - Daruş-şifa ve İmaret (mutfak, fırın, kiler) vakfa gelir sağlayan arasta hamam ve kira odaları yakın ilişkiler içinde düşünülmüştür. Bugün bir bölümü yok olan vakıf yapıları sayı ve isimleriyle Akarat-ı vakf-ı şerif"defterinde belirtilmiştir. Böylece yerleri tam belirlenemese de camiyi çevreleyen alandaki vakıf yapılarının kapsamı bir ölçüde anlaşılabilmektedir. Defterdeki dizilişe göre külliye bünyesinde bulunan vakıf yapıları şöyle sıralanmaktadır.

1-Cami-i şerif hakkındaki tek hamam
2-Cami mihrabı önündeki kubbeli odalar (36 adet )
3-Mehmet Paşa sarayının yerinde tahtani ve fevkani odalar (18 adet)
4-Mehmet Paşa sarayının yerinde ali paşa vakfı için yapılan odalar(17 adet)
5-Mesih Paşa sarayının kapısındaki odalar (3 adet)
6-Cami yakınındaki kubbeli odalar altında yer alan dükkânlar (39 adet)
7-Mehmet Paşa sarayı yeri karşındaki kubbeli odalar altındaki dükkânlar (33 adet)
8-Cami şerif mektep hanesi yakınındaki fevkani ve tahtani dükkânlar (8 adet)
9-Darül-hadis medresesi yakınındaki odalar (11 adet)
10- At meydanı tarafında türbeye bitişik dükkanlar (6 adet )
11- Yıkılan Arslanhane de Abdulgani Efendinin evi yerinde dükkânlar (5 adet?)
12- Ali Çavuşun evi yanında at meydanı karşısında ve imaret yanında odalar, evler (4 adet)
13- Kasr-ı Hümayun altında köşe çeşmesi yanındaki dükkânlar (7 adet)
14- Top arabacıları meydanı yakınında tahtani ve fevkani odalar (20 adet)
15- İmaret-i amire duvarındaki dükkânlar (8 adet)
16- Mahzen (2 adet)
17- Darrüş-şifa hamamı
18- Oda (2 adet)

Bu yapılardan bugün varolan kolayca teşhis edilebilenler Arasta ve Darüş-şifa hamamları türbeye bitişik dükkânlar Kasr-ı Hümayun’un altında köşe çeşmesi yanındaki dükkânlar ve mahzenlerdir. Cami mihrabı önündeki 36 adet kubbeli oda ve mektep yakınında olduğu belirtilen 8 adet fevkani ve tahtani dükkânlar Darül-hadis medresesi yakınındaki 11 oda at meydanı karşısında ve imaret yanındaki 4 adet ev imare-i amire duvarındaki 8 dükkân yok olmuştur. Mehmet Paşa sarayının yerinde Ali Paşa vakfı için yapılan 17 adet odanın ve Mesih Paşa sarayının kapısı tarafındaki 3 odanın ve yıkılan Arslanhane ve Abdulgani efendinin evinin yerine yapılan 5 dükkânın (?) yeri saptanamamaktadır. Bugün Arasta sokağının batı yanını oluşturan kuzeyde batıya güneyde doğuya doğru dönerek toplam 39 dükkândan oluşan dizi kubbeli odalar altındaki dükkânlardır. Bu dizinin karşısında yer alan kuzey ucunda sebil bulunan dizi ise belgelerde "Mehmet Paşa sarayı yeri karşısındaki kubbeli odalar" altında oldukları belirtilen 33 dükkândır.