Genç Ahmet'in camine tabi olarak önce en uygun bir yer arandı. Devlet çok zengindi. Ve 17. yüzyıl başında hükümdarların bütün istedikleri finanse edilebiliyordu. Yani para ve altın derdi yoktu. Padişah çevresindekilerin kimilerinin aklına, tasarlanan cami için Rüstem Paşa Sarayının yeri geldi. Burası gerçekten, öteki ulu camilerin yerlerinde aranan bir şart olan yüksek ve havadardı. Aynı yükseklikte olan öbür selâtin camilerine eş değerdeydi. Padişahın, sarayında, yaslanarak oturur pozisyondayken bile görebileceği bir yerdeydi.

Rüstem Paşa sarayı kalabalık bir yerleşimin içindedir. Saray yıkılsa bile yer yetmeyecek ve ilave istimlâkler gerekecektir. Hatta yıkım dışı kalan sokaklar bile yoğun inşaat çalışmaları yüzünden geçilmez hale gelecektir. Padişahın deyimi ile “bir mescit yapılacak ama bir nice gönülde yıkılmış olacaktır. Nice hatır incinecektir.” bu düşüncelerle oradan vazgeçilir. Ama işte bu gibi düşüncelerdir ki, Osmanlı devlet düzeni kurulup tarihte o kadar uzun süre yaşayabilmiş ve 6 yüzyıllık devletin hiç değilse yarıdan fazlası devirlerine göre hatta bugüne göre çok üstün bir adaletle sosyal dengelerle insanlık ve doygunlukla geçebilmiş ve halklara o kadar mutluluk verebilmiştir. Cami inşaatı yüzünden çevre sokaklarının rahatsız olmamasına dikkat eden Padişah inceliğini, günümüz İstanbul’unda,20.yy sona ererken gerekli gereksiz her yeri kazıp aylarca hatta yıllarca o halde bırakarak halkı toz ve çamura batıran ve aralarında en basit bir koordinasyonu ve ortak bir kazı programını bile gerçekleştiremeyen çeşitli türden ilgili teknik kuruluşlar yetkililerinin dikkatine sunmanın burada sanırım sırası gelmiştir. Rüstem Paşa Sarayının yeri sakıncalı bulununca at meydanın kıble yönünde bulunan Ayşe sultan sarayı akla gelir. Burası denize bakıyordu. Alanı çok genişti. Topkapı sarayına yakındı. Çevresi de fazla meskûn değildi. Padişahın aklı yattı. Adı geçen hanım sultana otuz bin halis ayarlı altın gönderdi. O da gönül hoşluğu ile mülkünü tapuda hemen Hünkâra devretti. Saray yıktırıldı, Camii için alan açıldı.